妈庙河位于澳头中心区，流域上游有小（1）型水库龙尾山水库，集雨面积3.5km2；小（2）型水库牛桥水库。妈庙河自牛桥水库溢洪道流经苏苗墩、妈庙村、澳头街道办事处，在渡头附近汇入淡澳河右岸（该段淡澳河为感潮河段）。妈庙河属于住建部划定的黑臭水体，2019年5月前完成了管网建设、生活污水截污和一定程度的河道清淤。